Один из таких барьеров, который препятствует нормальному функционированию Единого экономического пространства, лежит в сфере косвенного налогообложения и связан с акцизами.

Соглашение между Правительствами Республики Казахстан, Республики Беларусь и Российской Федерации от 25 января 2008 г. « О принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе» и принятым в соответствии со статьей 4 указанного Соглашения Протоколом от 11 декабря 2009 г. (далее - Протокол) о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в Таможенном союзе предусмотрено, что при импорте товаров на территорию одного государства - члена Таможенного союза с территории другого государства - члена Таможенного союза налоговыми органами государства-импортера взимаются косвенные налоги (пункт 1 статьи 2 указанного Протокола). При этом для целей Соглашения под косвенными налогами понимается налог на добавленную стоимость (НДС) и акцизы (акцизный налог или акцизный сбор).

Пункт 11 статьи 2 Протокола предусматривает, что суммы косвенных налогов, уплаченные (зачтенные) по товарам,  импортированным на территорию одного государства - члена таможенного союза с территории другого государства - члена таможенного союза, подлежат вычетам (зачетам) в порядке, предусмотренном законодательством государства - члена таможенного союза, на территорию которого импортированы товары.

В Республике Беларусь налоговые вычеты по акцизам сейчас  применяются только в случаях, когда подакцизные товары, по которым уже исчислены (уплачены) акцизы, используют для производства других товаров (подпункты 2.1, 2.2 статьи 123 Налогового кодекса Республики Беларусь). 
В Налоговом Кодексе Российской Федерации согласно пункту 2 статьи 200 вычетам подлежат суммы акциза, уплаченные налогоплательщиком при ввозе подакцизных товаров на территорию Российской Федерации и иные территории и объекты, находящиеся под ее юрисдикцией, выпущенных в свободное обращение, в дальнейшем использованных в качестве сырья для производства подакцизных товаров.

В соответствии с пунктом 2 статьи 291 Кодекса Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» на вычет относятся суммы акцизов, уплаченные в Республике Казахстан, по подакцизным товарам, использованным в качестве основного сырья для производства других подакцизных товаров.

Таким образом, национальные законодательства государств - членов Таможенного союза предусматривают возможность вычета (зачета) акцизов только в отношении подакцизных товаров, используемых для производства других подакцизных товаров, в то время как Протоколом для целей вычета (зачета) акцизов не установлено каких-либо ограничений и условий в отношении дальнейшего использования подакцизных товаров.

В связи с этим в Беларуси и России у хозяйствующих субъектов плательщиков косвенных налогов возникает необходимость дважды уплачивать акцизы без возможности их дальнейшего вычета (зачета) - первоначально на территории Республики Беларусь, а затем при продаже подакцизных товаров в Российскую Федерацию. Другими словами, Протоколом определено право импортера на вычет (зачет) акцизов, уплаченных при ввозе подакцизных товаров, но на практике оно не может быть реализовано, так как такой порядок отсутствует, а нормы национального законодательства позволяют реализовать право на вычет (зачет) акцизов только в отношении подакцизных товаров, использованных в качестве основного сырья для производства других подакцизных товаров.

Это ведет к двойному налогообложению хозяйствующих субъектов и создает барьер во взаимной торговле, что в конечном итоге препятствует свободному перемещению товаров внутри Таможенного союза.

Правовая природа косвенных налогов предусматривает право налогоплательщика на возмещение косвенного налога, что частично реализуется прописанными в Протоколе механизмами подтверждения налогоплательщиками обоснованности применения нулевой ставки НДС при перемещении товаров внутри Таможенного союза, при этом акцизы, в соответствии с Соглашением между Правительством Республики Беларусь, Правительством Республики Казахстан и Правительством Российской Федерации от 25 января 2008 г. «О принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе», также отнесены к косвенным налогам.
Подводя итоги изложенного выше, можно прогнозировать внесение дополнений в Протокол в части закрепления порядка реализации права импортера на вычет (зачет) акцизов, уплаченных при ввозе подакцизных товаров (не используемых далее в качестве сырья для производства подакцизных товаров) в государствах - членах Таможенного союза. Такие действия со стороны наднационального регулятора, в полной мере отвечали бы целям обеспечения условий функционирования и развития Таможенного союза и Единого экономического пространства, а также реализации международных договоров, формирующих договорно-правовую базу Таможенного союза и Единого экономического пространства.